W ostatniej, trwającej 10 dni chorobie, którą było zapalenie płuc, uwydatniła się z całą mocą jej miłość bliźniego, bowiem umęczona wysoką gorączką jeszcze pamiętała i poleciła siostrom, aby przebywającego w Przasnyszu o. Kazimierza Kuderkiewicza, kapucyna, odwieźć furmanką zaprzężoną w konie do kolei.

M. Maria Izabella Lebenstein odeszła do Boga 17 sierpnia 1918 r. Kronika zawiera słowa o ostatnich jej ziemskich chwilach: "Śmierć przyszła niespodzianie. Siostry zapaliły gromnicę. Matka odeszła cicho, cicho oddała Bogu swą duszę, jak cichym było całe jej życie".

Nie doczekała wyzwolenia ojczyzny, ale wytrwała do chwili, gdy z trudnej, kilkudziesięcioletniej nadziei na przetrwanie wspólnoty zakonnej sióstr kapucynek zaczęła się rodzić pewność, że zgromadzenie nie tylko trwać będzie, ale i będzie się rozwijać. Uroczystościom pogrzebowym przewodniczył ks. Józef Piekut, dziekan przasnyski, wraz z ks. Józefem Czarneckim, kapelanem kapucynek i wieloma innymi księżmi przybyłymi z okolic Przasnysza.

Według zapisów kroniki, ks. dziekan J. Piekut "podkreślał w kazaniu zasługi zmarłej, że w tak trudnych warunkach, przez tyle lat potrafiła przewodniczyć zgromadzeniu i utrzymać w nim, o ile to było możliwe, ducha franciszkańskiego i obserwację zakonną. Mówił, że m. Izabella była wzorową zakonnicą, ogólnie szanowaną i czczoną przez całą okolicę i duchowieństwo. Mówił, że jej szlachetne serce współczuło przasnyskiej biedocie i na większe uroczystości w roku – jak Boże Narodzenie czy Wielkanoc, a także na jej imieniny - były przygotowywane przez siostry specjalne, obfite dary w żywności dla tych biedaków. Pieczono ciasto i mięso ukwestowane szło na poczęstunek dla nich".

Po śmierci m. Izabelli siostry wysyłały do innych klasztorów informację: "Pokornie prosimy o święte modlitwy za duszę śp. ukochanej naszej Matki Przełożonej Marii Izabelli Lebenstein, która zasnęła w Bogu d. 17 sierpnia 1918 roku w klasztorze Sióstr Kapucynek w Przasnyszu w Ziemi Płockiej. Pokój Jej świętej duszy". A jak przasnyskie siostry postrzegały swoją przełożoną, niech świadczą słowa niektórych z nich pisane w skrytości ich sumień do o. Honorata:

"Ja u matki Izabelli widzę wszystkie cnoty dobrej zakonnicy, nawet świętej, jak się spodziewamy, że ona nią będzie, a może już jest " - s. Ludwika od Krwi Przenajdroższej (1836-1919).

"Franciszka żaliła się na poszarpany habit. Tak mnie to dotknęło (jako westiarkę), że zaraz nazajutrz poszłam do matki, żeby matka pozwoliła dać jej nowy, który dla matki był uszyty. Matka zaraz z radością na to przystała" - s. Salomea od Siedmiu Boleści NMP (1826-1882).

"Matka nasza taka pokorna, że księdzu nie chciała uwagi zwrócić…" - s. Agnieszka od św. Stanisława Kostki (1836-1909).