O. Honorat całkowicie zaufał Bożej Opatrzności. W obecności biskupa płockiego Wincentego Popiela, który wizytując klasztor, proponował zakonnikom pracę w parafiach lub pieniądze za podjęcie decyzji o emigracji, w imieniu współbraci powiedział: "Żaden nie wyjedzie! Tu nas Pan Bóg chce mieć, a więc tu pracować będziemy!". Koźmiński zdawał sobie sprawę, że we wspólnocie zakonnej są sprzyjające warunki do zachowania ślubów i wytrwania w nich. Ważna też była dla niego solidarność z cierpiącym narodem. Uważał, że nie może zdezerterować. W odosobnieniu zajął się przede wszystkim pogłębianiem własnego życia duchowego, co wyraził w postanowieniu: "Chcę być świętym z jakąkolwiek bądź ofiarą […], trzeci wiek jesteśmy, a nie mamy świętego".

W warunkach rygorów policyjnych po kasacie klasztorów kapucyn ten zdołał zapoczątkować w ukryciu (nie mógł głosić kazań, działał niestrudzenie jedynie poprzez konfesjonał) ruch religijnej odnowy, dla którego przyjęła się nazwa ruch honoracki. Objawił się on w działalności nowych, tajnych, bezhabitowych zgromadzeń zakonnych. W drugiej połowie XIX wieku, z inicjatywy o. Koźmińskiego, w Królestwie Polskim powstało łącznie 26 zgromadzeń ukrytych, opartych na regule III zakonu św. Franciszka – cztery męskie i 22 żeńskie, spośród których 17 istnieje do dziś. Jednocześnie ojciec Honorat pomagał tym zgromadzeniom rozwinąć w całym kraju (w zależności od potrzeb religijnych i społecznych) placówki opiekuńcze, oświatowe, szpitalne, rzemieślnicze i inne. W obawie przed prześladowaniami funkcjonowały one oficjalnie jako różne świeckie przedsięwzięcia, na przykład zakłady usługowe. Zgromadzenia honorackie odegrały doniosłą rolę w dziejach polskiego katolicyzmu. W okresie prawie całkowitego zaniku tradycyjnych habitowych form życia zakonnego na skutek kasat (po 1864 r.) starały się zaspakajać potrzeby religijne i materialne społeczeństwa.

Ziemska misja o. Honorata Koźmińskiego dobiegła końca 16 grudnia 1916 roku. Była to misja szczególna, która wydaje owoce w postaci kolejnych powołań oraz nowych domów zakonnych rozsianych po świecie. O ostatnich chwilach Honorata na tym świecie, pisała jedna z jego duchowych córek, matka Aniela Róża Godecka, współzałożycielka Małych Sióstr Niepokalanego Serca Maryi (honoratek) w swej Autobiografii w 1921 r. "Od listopada 1916 r. Ojciec nasz bardzo cierpiał – notowała – i wezwano lekarza, żeby zbadał Ojca i przepisał jaki środek dla ulżenia Ojcu. Lekarz opukał i powiedział, że serce i płuca są względnie w porządku i miał już odejść, ale kazał jeszcze pokazać plecy Ojca i okazało się, że ciało tak się odleżało, że poodpadało aż do kości. Zrobiono Ojcu opatrunki. I doktor kazał zdjąć twardą sukienną tunikę, którą Ojcowie noszą zamiast bielizny, a która przywarła do ran i jątrzyła je, ale Ojciec za nic nie chciał się na to zgodzić i gniewał się na swego pielęgniarza za to, że na migi pokazywał lekarzowi, żeby obejrzał plecy Ojca. Tak Ojciec nasz pragnął cierpienia i gniewał się za tę ulgę, choć ona na pewno jeszcze więcej chyba bólu przyczyniła, bo opatrunki musiały być bardzo bolesne. Tak stan zdrowia naszego Ojca trwał przeszło 3 tygodnie. 15 grudnia Ojciec był już bardzo słaby, a następnego dnia, od samego rana, prawie zapadł w agonię. Przełożony klasztoru przyniósł Ojcu Wiatyk. Ojciec założył sobie pas na szyję i powiedział wobec wszystkich, że jest strasznym grzesznikiem, bo się zaparł Boga w młodości, czem ogromnie wszystkich rozrzewnił i zbudował, boć wszyscy widzieli i wiedzieli, jak Ojciec ciężko pokutował całe życie w zakonie i jak wynagradzał Panu Bogu, a życie to całe poświecił na chwale Bożą. Tego dnia 16 grudnia, ojciec Kazimierz kilkakrotnie wstępował do Ojca, ale Ojciec już nie reagował. Widocznie duchem był już na tamtym świecie. Taki stan był do godziny 5 po południu. Około godziny 5 brat pielęgniarz dał znać kapucynom, że Ojciec Honorat kona. Wszyscy Ojcowie się zeszli, a Ojciec oddał Bogu ducha. Wtem uderzono w klasztorny dzwon. Dźwięk ten dziwnie mną wstrząsnął, powiedziałam tylko: Ojciec umarł. Rzeczywiście dzwonili jak po umarłym, długo, długo. Była sobota, godzina 5 po południu. Pogrzeb Ojca odbył się dopiero 21 grudnia w czwartek, żeby mogły się zjechać delegacje od zgromadzeń. Cały ten czas ciało Ojca Honorata było wystawione w celi, a więc dostęp mieli tylko Bracia i inni mężczyźni, a myśmy mogły tylko modlić się w kościele. Dopiero we środę po południu wprowadzono ciało Ojca do kościoła. Co do mnie, nie płakałam, bo nie mogłam płakać, patrzyłam tylko na Ojca i nie mogłam oczu oderwać, taki Ojciec był jak we śnie, taki spokojny, jakby chciał powiedzieć, że mu tak dobrze i wygodnie w tej trumnie prostej na wiórach i na cegle pod głową. Na pogrzebie, pomimo tłoku, udało mi się dostać do podziemi. Trumnę Ojca wstawili do niszy. Smutne były te pierwsze święta Bożego Narodzenia, tak zawsze uroczyście obchodzone i tak zawsze przypominające nam Ojca, bez Ojca. Ale nie było czasu na smutek, trzeba było zabrać się do pracy…".

O. Honorat był wielkim kapłanem i patriotą. Wybitnym działaczem społecznym oraz śmiałym wizjonerem i reformatorem życia religijnego w Królestwie Polskim. Świadectwo jego życia jest wzorem godnym naśladowania, co zostało potwierdzone przez papieża, św. Jana Pawła II 16 października 1988 roku w czasie beatyfikacji ojca Honorata Koźmińskiego Ciało ojca Honorata Koźmińskiego zostało złożone w katakumbach klasztoru kapucynów w Nowym Mieście nad Pilicą. Obecnie część relikwii (szczątek kości) błogosławionego znajduje się w kościele, w małej trumience w ołtarzu bocznym. Pozostałe, oprawione w relikwiarze, zostały rozesłane po innych kościołach w celu oddawania im czci przez wiernych.