Gdy Kozacy wycofają  się z miasta, doczesne szczątki ojca Andrzeja zostaną przeniesione do Pińska i tu pochowane w podziemiach kościoła klasztornego. Ich dramatyczne losy wstrząsająco opisał ks. Mirosław Paciuszkiewicz, wieloletni profesor naszego seminarium, rektor kościoła św. Jana Chrzciciela w Płocku, a po wstąpieniu do jezuitów kustosz sanktuarium św. Andrzeja Boboli przy ulicy Rakowieckiej w Warszawie, w którym męczennik, ogłoszony w 2002 roku patronem Polski, jest dziś pochowany.

Po latach – pisze ojciec Paciuszkiewicz - na ziemi pińskiej zaczęto zapominać o miejscu pochówku jezuity, którego już za życia uważano za świętego. Więc w 1702 roku sam ojciec Andrzej ukazał się rektorowi kolegium pińskiego i wskazał, gdzie znajduje się jego grób. Ciało, mimo że spoczywało w wilgotnej ziemi, znaleziono nietknięte. Zaczęły się mnożyć łaski i cuda, podjęto starania o beatyfikację. Jednak czasy saskie, kasata zakonu jezuitów i upadek Rzeczpospolitej nie sprzyjały temu. Więc ponownie Andrzej Bobola ukazał się w 1819 roku dominikaninowi o. Korzenieckiemu, któremu przepowiedział wskrzeszenie Polski i to, że zostanie jej patronem.

Kult męczennika rozwija się i ku wielkiej radości Polaków – w noc zaborów – w 1853 roku Ojciec Andrzej zostaje ogłoszony błogosławionym. Niestety, już wcześniej trumna z jego ciałem została wywieziona w głąb Rosji. Przebywała tam jeszcze w 1920 roku, gdy na Polskę ruszyły hordy bolszewickie. W niedzielę 8 sierpnia 1920 roku ulicami Warszawy przechodzi potężna procesja błagalna z relikwiami błogosławionego patrona Wschodu. W następną niedzielę, 15 sierpnia, ma miejsce "cud nad Wisłą".

20 lipca 1922 roku uzbrojeni żołnierze sowieccy, po uprzedniej profanacji ciała błogosławionego, bijąc broniących go katolików, przewożą je do Moskwy. Tam zostaje umieszczone w gmachu Wystawy Higienicznej Ludowego Komisariatu Zdrowia - naocznie chce się wykazać, że gdy przestanie działać "katolicka magia", ciało błogosławionego, zachowane dotąd w nienaruszonym stanie, w krótkim czasie ulegnie rozkładowi. Gdy nic takiego się nie dzieje, sława męczennika zaczyna rozchodzić się po Moskwie, a do muzeum ciągnie coraz więcej zwiedzających. Ojciec Andrzej – przez los swych szczątków – głosi Chrystusa tam, gdzie nawet o tym nie marzył! W konsekwencji sowieci ukrywają je w jednym z magazynów. I nie wydadzą ich długo, mimo żądań rządu polskiego, Kościoła. Stalin ustąpi dopiero wtedy, gdy podczas tzw. "wielkiego głodu", ginącej masowo ludności pospieszy z pomocą Pius XI, posyłając do ZSRR ogromne transporty zboża. W zamian papież ma tylko jedną prośbę: "Zwróćcie nam ciało bł. Andrzeja Boboli". W 1923 roku trumnę wydobywa się spośród rupieci, przewozi do Odessy, a stamtąd drogą morską do Rzymu (sowiecki dyktator nie zgodził się na przejazd przez Polskę). W Wielkanoc 1938 roku odbywa się kanonizacja, a niedługo potem Święty tryumfalnie, w srebrno-kryształowej trumnie, powraca do Ojczyzny.

Nie wspomniałem o jeszcze jednym upamiętnieniu św. Ojca Andrzeja, magistri Masoviae – "nauczyciela Mazowsza", tu, w katedrze... Otóż, jego męczeńska postać, podtrzymywana przez umęczonego Chrystusa, niemal zlewająca się z Nim w ogromie cierpienia z "ognistej Miłości", widnieje na środkowym witrażu nawy bocznej naszej bazyliki".