W Pułtusku odbywał roczną praktykę klerycką jako nauczyciel; w Płocku działał najpierw w roku 1633 - jako opiekun sodalicji mariańskiej, a potem, po rocznym pobycie w Warszawie, jako prefekt studiów w kolegium i kaznodzieja. Z Płocka udał się do Łomży, dzisiaj stolicy diecezji łomżyńskiej, a wtedy - jednego z miast rozległej diecezji płockiej, w którym, obok troski o ambonę, powierzono mu również urząd dyrektora szkoły.

Był więc św. Andrzej prawdziwym magister Masoviae – "nauczycielem Mazowsza". Z zachowanych relacji przełożonych wynika jednak także to, że bywał niecierpliwy, skłonny do gniewu i uparty. Te same świadectwa podkreślają wszelako, że rzetelnie się uczył i dlatego świetnie zdawał egzaminy; że pracował nad sobą, przez co stopniowo pokonywał wady; że swoją bystrością zyskiwał sobie życzliwość ludzi. Po opuszczeniu Łomży pracował jeszcze w Wilnie, gdzie głosił kazania w kościele św. Kazimierza oraz prowadził wykłady z Pisma Świętego w Akademii. Latem 1652 przybył na Polesie, do Pińska. Powierzono mu tutaj obowiązki kaznodziei i misjonarza ludowego. Często przemierzał drogę Pińsk - Janów Podlaski, katechizując w wioskach, o których Bóg jedynie pamiętał, chrzcząc, spowiadając... Był skutecznym ewangelizatorem - nazywano go na Polesiu: "duszochwat".

Pińsk jako miasto pogranicza Rusi i Rzeczpospolitej był w tamtym czasie miejscem ciągłych zatargów, miastem "ognia i miecza", szubienic i krwi. Zniszczony w roku 1648, następnie odbity przez oddziały polskie, 1657 roku ponownie został zdobyty przez Kozaków. Ojciec Andrzej chroni się w Janowie, a potem w sąsiedniej wiosce. 16 maja do miasta wpada oddział kozacki i zaczyna mordować Polaków i Żydów. Hajdamacy wszędzie wypytują o Bobolę. W końcu chwytają zakonnika, zdzierają z niego habit, na pół obnażonego przywiązują do słupa i biją nahajami. Potem nakładają mu na głowę rodzaj cierniowej korony, wybijają zęby, wyrywają paznokcie, gnają za dwoma końmi do Janowa... Tu przyprowadzają jeńca przed dowódcę. Ten pyta: "Jesteś ty ksiądz?". "Tak – odpowiada zakonnik - moja wiara prowadzi do zbawienia. Nawróćcie się". Na te słowa kozacy wloką kapłana do rzeźni miejskiej, rozkładają na stole i zaczynają przypalać ogniem. Potem wycinają mu skórę na plecach w formie ornatu... Pozwólcie, że nie będę opowiadał dalej wszystkich szczegółów tego bezgranicznego okrucieństwa, jego drogi na Golgotę...