Ksiądz profesor Grzybowski zmarł 29 czerwca w Warszawie po długiej i ciężkiej chorobie, w 86. roku życia i 63. roku kapłaństwa. Liturgii pogrzebowej w katedrze przewodniczył biskup płocki Szymon Stułkowski, a koncelebrowali ją bratanek zmarłego bp Jacek Grzybowski, biskup pomocniczy diecezji warszawsko-praskiej, oraz wielu kapłanów diecezji płockiej. Przy jego trumnie spotkali się przedstawiciele środowisk naukowych i kościelnych, z którymi był związany, oraz rodzina.