Po zakończeniu działań wojennych o. Bernard Kryszkiewicz został skierowany jako nowy przełożony do zniszczonego częściowo klasztoru w Przasnyszu. Tu zajął się odbudową kościoła oraz klasztoru. Na początku zamieszkał u sióstr klarysek kapucynek, u nich odprawiał Msze św. i głosił im nauki duchowe. Od Wielkanocy zaczął odprawiać Msze w kościele pasjonistów. Przeniósł się do zaimprowizowanego pokoju, bez szyb. Potem dołączyli do niego inni zakonnicy. Ojciec Bernard zajął się administracją terenu, odnową budynków, kompletowaniem mebli, wyposażenia, gromadzeniem bielizny kościelnej i klasztornej. W maju wygłaszał kazania maryjne, a wiele osób spowiadało się u niego po długiej przerwie wojennej. Zaczęto przestrzegać obserwancji zakonnej, czyli własnego rytmu życia dziennego i tygodniowego w klasztorze. W czerwcu o. Bernard wyjechał na parę dni do rodzinnej Mławy po bieliznę. Po powrocie okazało się, że jest chory, lekarz zdiagnozował tyfus brzuszny.

Pod opieką siostry szarytki o. Bernard leczył się parę dni w klasztorze, potem został przewieziony do szpitala. Choroba, początkowo lekka, rozwijała się jednak i niszczyła organizm. S. Helena Kasińska radziła wzmocnić serce, jednak nie zdecydowano się na ten krok z powodu braku lekarza. Ostatnie dni życia o. Bernarda dobrze zapamiętał młody pasjonista, o. Jan Wszędyrówny, który podczas wojny był jego wychowankiem. Odwiedzał chorego w szpitalu, udzielał mu Komunii św. Ojciec Bernard czuł się coraz gorzej fizycznie, choć duchowo był mocny. Kiedy zaś stan pogorszył się, do Przasnysza przyjechał wiceprowincjał, o. Juliusz Dzidowski i udzielił mu sakramentu namaszczenia chorych. Wyczuwało się atmosferę przygnębienia, gdyż odchodził, jak powszechnie sądzono, wartościowy i tak potrzebny kapłan i zakonnik.

Gdy umierał 2 lipca 1945 r., powtarzał słowa: "Jezu, kocham Cię". Tak relacjonuje śmierć o. Bernarda jej świadek, o. Jan Wszędyrówny: "Klęczałem koło niego i płakałem. W pewnej chwili odezwałem się do niego: - Ojcze Bernardzie, ja chciałbym umrzeć za ciebie, abyś ty żył, ponieważ jesteś lepszy, potrzebniejszy Zgromadzeniu. I wtedy wyszły słowa zdradzające człowieka Bożego: - Co to znaczy, że ja bym chciał? Lepsze to, co Bóg chce". Potem nastąpiła agonia. Ojciec Bernard Kryszkiewicz umarł w szpitalu, rano dnia 2 lipca 1945 roku. Po paru dniach modlitw przy trumnie odbył się uroczysty pogrzeb. Trumnę z ciałem, obłożoną białymi liliami, pochowano w podziemiach kościoła pasjonistów w Przasnyszu.

W 1972 r. bp Bogdan Sikorski pozwolił na rozpoczęcie procesu beatyfikacyjnego o. Bernarda. W 1989 r. przeniesiono jego doczesne szczątki i złożono w sarkofagu w kruchcie kościoła. 11 maja 1991 r. podpisano dekret zamknięcia procesu informacyjnego w diecezji płockiej. W czerwcu 2010 r. przekazano do Polski poprawione i ukończone tzw. positio - dokument ten przekazany został do Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych i opublikowany 2012 roku.

Credo postawy o. Bernarda w cierpieniu i w kapłaństwie, w służbie w zakonie pasjonistów dobrze wyrażają jego słowa: "Odkąd rozpocząłem swe posłannictwo kapłańskie na tej ziemi, coraz wyraźniej wyczuwam, jak potężny jest jęk boleści, jaki każdego dnia wzbija się z tego wygnania ku niebu; a przecież objąć całkowicie jego ogromu nie zdążę nawet do śmierci. I dlatego też lubię mówić o cierpieniu. Lubię, bo przecież Chrystus tak dużo poświęcił na ocieranie łez wyciskanych bólem; kapłan zaś, będąc Jego zastępcą na ziemi, powinien też iść Jego śladami".

Przejmujące są jego rozważania o męce Pańskiej. Oto przykład jednego z nich: "Zbawco ukochany, jak wiele kosztują Cię moje złe myśli, moje zmysłowe upodobania, moje dumne zamysły, moja próżność i moja pycha! Ach, żałuję, o Jezu, za to, żem Ciebie tak okrutnie dręczył, wijąc dla siebie wieniec z niegodziwych rozkoszy. [...] Chcę, o Jezu, być wraz z Tobą ukoronowany tu na ziemi koroną upokorzenia i boleści, aby zasłużyć na koronę chwały w niebie” – tak rozmyślał o. Bernard nad tajemnicą Cierniem Ukoronowania.

"Bracia moi – mówił w jednym z kazań wojennych - strapieni jesteście. Ciężko żyć. W domu niedostatek. W domu niezgoda. [...] Niewdzięczne dzieci życie ci zatruwają. [...] Zły sąsiad skrzywdził cię. Złośliwy język zabrał ci dobre imię. Śmierć zabrała ci kogoś z najukochańszych. Wojna ci zabrała wszystko - rozumiem cię. Bracie i siostro, z trwogą oczekujesz jutra, bo to jutro bardzo niepewne, nie wiesz, co ci przyniesie - rozumiem cię. [...] Rozumiem was dobrze [...]. Cóż wam powiem? Na krzyż wam wskazuję".