Ustanowił je 30 kwietnia 2000 roku biskup Stanisław Wielgus, w dniu kanonizacji siostry Faustyny Kowalskiej i ustanowienia przez św. Jana Pawła II święta Bożego Miłosierdzia.

Miejsce kultu znajduje się w miejscu pierwszych objawień Pana Jezusa Miłosiernego w klasztorze sióstr Matki Bożej Miłosierdzia w Płocku. To w tym miejscu Pan Jezus przekazał siostrze Faustynie swą wolę, aby został namalowany obraz z podpisem "Jezu, ufam Tobie". Niedługo potem zażądał także, aby zostało ustanowione Święto Miłosierdzia. Wszystko to stało się w Płocku.

Klasztor sióstr Matki Bożej Miłosierdzia istnieje przy Starym Rynku w Płocku od 1899 roku, ale w 1950 roku władze komunistyczne usunęły z niego siostry wraz z wychowankami i przejęły ich własność. Siostry odzyskały klasztor dopiero po 40 latach. W 1992 roku kaplica sióstr stała się miejscem dostępnym dla czcicieli Bożego Miłosierdzia.

Impulsem ożywiającym kult Bożego Miłosierdzia była peregrynacja obrazu Pana Jezusa Miłosiernego w parafiach diecezji płockiej. Po zakończeniu peregrynacji obraz pobłogosławiony przez św. Jana Pawła II w Płocku, został umieszczony w kaplicy sanktuarium przy Starym Rynku.

Od kilku lat trwa rozbudowa sanktuarium w miejscu pierwszych objawień Pana Jezusa Miłosiernego.