Po Eucharystii, Jan M. Kłoczowski, syn profesora, odczytał telegram kondolencyjny prymasa Polski, abp. Wojciecha Polaka – Jako swego rodzaju testament i zobowiązanie traktujemy wciąż słowa, które pan profesor pozostawił nam w Gnieźnie, podczas milenijnych uroczystości chrztu Polski w 1966 roku. Zaproszony wówczas osobiście przez Prymasa Tysiąclecia do Gniezna, aby podjąć refleksję milenijną, sam wówczas mówił: „Pamięć o Gnieźnie, jako o symbolu państwa pierwszych Piastów, jakby o wspólnym naszym gnieździe rodzinnym, stanowi też po dziś dzień czynnik łączący wszystkich bez wyjątku Polaków, zarazem zaś legitymację naszych historycznych praw i miejsca w rodzinie europejskich narodów”. Mimo upływu lat te zobowiązujące słowa, odwołujące się do naszych chrześcijańskich korzeni i wzywające do jedności, pozostają aktualnym zadaniem, które ciągle winniśmy podejmować. Są dla nas jego swoistym testamentem – napisał m.in. ks. prymas.

List pożegnalny od prezydenta Andrzeja Dudy odczytał jego przedstawiciel Dawid Drabik. - Żegnamy intelektualistę, dla którego naukowe poznawanie przeszłości było drogą do lepszego rozumienia własnej epoki – napisał prezydent - Dzięki takim ludziom jak prof. Kłoczowski, Katolicki Uniwersytet Lubelski pozostawał oazą wolności duchowej wśród piasków czerwonej pustyni. A kiedy Polska odzyskała niepodległość, przesłanie braterstwa i solidarności spadkobierców Rzeczypospolitej Wielu Narodów, płynące z jego prac, pozostało aktualnym wskazaniem, przynoszącym dobre owoce we współpracy krajów naszego regionu. Dzisiaj ten wielki uczony powraca do swojej mazowieckiej ojczyzny, w której się wychował i z której przyniósł swój głęboki patriotyzm, wiarę i poczucie odpowiedzialności za losy Polski i Europy.

- Nigdy nie dał sobie zabrać nadziei – zauważył mówiąc o zmarłym starosta przasnyski, Zenon Szczepankowski. – Ani wtedy, gdy Polska wydawała się podeptana przez niemieckiego nazistę, ani wtedy gdy Polskę tłamsił prosowiecki komunizm i trzeba było podjąć ryzyko "Solidarności" przez duże "S".

Po zakończeniu liturgii w kościele kondukt żałobny w asyście kompanii honorowej i orkiestry z przasnyskiej jednostki wojskowej udał się na cmentarz parafialny. Śp. prof. Jerzy Kłoczowski został pochowany w grobie rodzinny, obok żony Krystyny oraz dziadków: Kazimiery i Józefa Kłoczowskich.

Podczas uroczystości pogrzebowych były zbierane ofiary na dzieła s. Małgorzaty Chmielewskiej.

Wcześniej uroczyste Msze św. w intencji prof. J. Kłoczowskiego zostały odprawione w archikatedrze lubelskiej pod przewodnictwem abp Stanisława Budzika, metropolity lubelskiego i Wielkiego Kanclerza KUL oraz w kościele ojców dominikanów przy ul. Freta w Warszawie, gdzie liturgii przewodniczył kard. Kazimierz Nycz, metropolita warszawski.