Po uwolnieniu z obozu, gdy siostry zamieszkały w Suchowoli na Białostocczyźnie, s. Franciszka codziennie wcześnie rano pierwsza wychodziła do kościoła, a gdy kościół był zamknięty klękała na śniegu w zimie pod jego drzwiami i czekała aż kościelny przyjdzie go otworzyć. Podczas bombardowania Suchowoli w 1944 r. ksiądz wikary przyniósł Najświętszy Sakrament do domu sióstr. Matka Szczęsna wspomina: "Front i bombardowanie Suchowoli stały się dla s. Franciszki rajem na ziemi. Cały czas przesiedziała na krzesełku za drzwiami, w prowizorycznej kapliczce, urządzonej w naszym mieszkaniu, w pokoiku, gdzie Pan Jezus został przeniesiony z kościoła, którego wieże przez odchodzących Niemców zostały wysadzone w powietrze.

Kule i bomby rozrywały się dzień i noc dokoła, ale s. Franciszka obojętna na wszystko, pogrążona była w adoracji ukrytego Boga, który dosłownie o dwa kroki od niej spoczywał w tabernakulum, ustawionym na stole, jako prowizorycznym ołtarzu. Miała wtedy możność bez przerwy i prawie w samotności nasycać się Tym, do którego dusza jej rwała się przez całe życie". Życie tej gorliwej służebnicy Bożej to jedna długa adoracja Jezusa Eucharystycznego. Jedynym pragnieniem gorącej duszy s. Franciszki było, aby dobry Bóg pozwolił jej po śmierci adorować Przenajświętszy Sakrament, póki Bóg w Hostii ukryty na ziemi będzie przebywać.

S. Franciszka Pilecka, po powrocie wraz z całą wspólnotą z tułaczki wojennej do Przasnysza, coraz bardziej słabła, wycieńczona cierpieniami w obozie koncentracyjnym, oraz trudami wygnania i ciężką zimową podróżą. Namalowała jeszcze słabnącymi rękoma dwa przepiękne obrazy zdobiące kościół klasztorny kapucynek w Przasnyszu na górnej kracie: św. Franciszka błogosławiącego Asyż  i św. Franciszka przemawiającego do ptaków. Do 7 sierpnia 1945 roku jeszcze resztkami sił przychodziła przed Najświętszy Sakrament, modliła się w górnym chórze zakonnym, siedząc ukryta w kąciku.

Do Matki Szczęsnej, która ją tegoż ostatniego dnia spotkała w chórze, z uśmiechem, złożywszy ręce jak do modlitwy i pokazując palcem w górę wyszeptała: "Tam, na tamtym świecie będę się za wszystkich modliła, bo już Tam odchodzę". Od tej chwili straciła mowę i oczekiwała na przyjście Pana Jezusa. Uśmiechem dziękowała za przysługi opiekującym się nią siostrom. Spokojnie odeszła do domu Ojca, otoczona modlitwą różańcową sióstr, dnia 18 sierpnia 1945 roku. Pochowana w podziemiach kościoła kapucynek w Przasnyszu.