Z pasją duszpasterza i katechety

To ks. Roman Marcinkowski rozpoczął wiele duszpasterskich inicjatyw, które do dziś są realizowane w diecezji: m.in. rekolekcje dla maturzystów i diecezjalną pielgrzymkę maturzystów na Jasną Górę. 
Pełnił funkcję diecezjalnego wizytatora religii i diecezjalnego duszpasterza rodzin. "Poza odpowiedzialnością za katechezę, miałem też cały ogromny obszar duszpasterstwa rodzin. Ono się wtedy w naszej diecezji tworzyło. Starałem się w niektórych dekanatach, przygotować kompetentne osoby świeckie, do podjęcia pracy z narzeczonymi przygotowującymi się do małżeństwa (…) Zachowałem w swoich wspomnieniach zapał, gorliwość, systematyczność ludzi, którzy chcieli, jak najlepiej przygotować się do pracy w Poradnictwie Rodzinnym. Mam wiele niepokoju, że wiele rzeczy się nie udało. Wówczas to wszystko było nowe. A to, co nowe, nie zyskuje od razu powszechnej aprobaty, uznania. Tylko się przebija z oporami wobec przeciwności, nieraz bardzo powoli” – wspominał bp Roman w wywiadzie, który ukazał się w dedykowanej mu w 2005 roku księdze pamiątkowej. W kurii diecezjalnej ks. Roman Marcinkowski pełnił również funkcję dyrektora Wydziału Katechetycznego i Wydziału Duszpasterskiego.

23 lutego 1985 roku został mianowany przez św. Jana Pawła II biskupem pomocniczym diecezji płockiej. Sakrę przyjął 13 kwietnia w katedrze płockiej, z rąk kard. Józefa Glempa, prymasa Polski. W 1999 i 2007 roku zarządzał diecezją płocką jako administrator, do czasu powołania nowych ordynariuszy przez Stolicę Apostolską. Przewodniczył pracom zespołu opracowującego "Katechizm Płocki". Jest opiekunem krajowym Legionu Maryi.