Jako ksiądz i biskup pracował na duszpasterskich barykadach – w powstańczej Warszawie i jako prefekt wśród pułtuskiej i sierpeckiej młodzieży. „Widziałem w powstaniu najpiękniejszą rzecz na świecie i młodzież warszawską w religijnym entuzjazmie żyjącą, walczącą i umierającą dla katolickiej Polski. Straciłem tam wielu młodych przyjaciół. Wychodząc cało z Warszawy, postanowiłem przez resztę mojego życia urealniać w sobie i w swoim otoczeniu tamten zaklęty w gruzach Warszawy entuzjazm młodej Polski” – mówił kiedyś. To jego towarzyszenie młodym zaprowadziło go także do seminarium duchownego w Płocku, gdzie był ojcem duchownym przyszłych księży. Wielu jeszcze do dziś pamięta go w tej właśnie roli.

Był biskupem Soboru Watykańskiego II, brał udział w niektórych jego sesjach. Przez krótki czas, jako administrator apostolski, kierował diecezją płocką po śmierci bp. Tadeusza Pawła Zakrzewskiego. Na forum ogólnopolskim był przede wszystkim biskupem od misji i pierwszym dyrektorem krajowym Papieskich Dzieł Misyjnych w Polsce. – Temu dziełu był oddany. Powtarzał, że jest to wyraz naszej odpowiedzialności za Kościół. Powtarzał, że „robota misyjna” musi iść do przodu – wspomina s. Danuta Olkowska, służka. Gdy mówił o Janie Pawle II, zwracał uwagę, że bardziej powinniśmy go wspierać naszą postawą. Po śmierci biskupa 19 lipca 1996 r. w specjalnym telegramie papież nazwał go „autentycznym przewodnikiem życia duchowego, pełnego dobroci i miłości”.

– Wiem, że biskupstwo to przede wszystkim ojcowanie. Ale by w tym ojcowaniu się nie zagubić, rozglądam się żarliwie naokoło, gdzie mógłbym je wesprzeć postawą rzetelnego synostwa i braterstwa – mówił bp Jan w pierwszym przemówieniu po konsekracji biskupiej. – Był zwolennikiem zdrowej spontaniczności w Kościele. Mówił o „matkowaniu” i „ojcowaniu”; to były jego ulubione określenia – wspomina ks. Bogdan Czupryn, kapelan bp. Wosińskiego. – Nie lubił, gdy tytułowano go „ekscelencją”. „Tak nie wołano do Pana Jezusa, a On zbawił świat” – powtarzał. Lubił, gdy zwracano się do niego „ojcze” – wspomina kapłan.

Zwizytował 480 parafii diecezji płockiej, udzielił bierzmowania ok. 170 tys. osób w 1033 kościołach, wyświęcił na kapłanów 34 diakonów diecezjalnych i 15 zakonnych. Jest pochowany na cmentarzu katolickim w Płocku, bo taka była jego ostatnia wola.

Warto wiedzieć, że gdy w czasie wojny trafił do Warszawy, poznał ks. Stefana Wyszyńskiego i m. Różę Czacką. Później to kardynał udzielił mu sakry biskupiej w płockiej katedrze i współpracował z nim na forum episkopatu, zwłaszcza w sprawach animacji misyjnej.