Urodził się 29 grudnia 1924 r. w rodzinnym majątku w Bogdanach, w parafii Krzynowłoga Wielka. Jego rodzice: Eugeniusz i Irena, należeli do grona światłych, patriotycznych i religijnych ziemian. Jerzy Kłoczowski oraz jego dwaj młodsi bracia: Zbigniew i o. Jan Andrzej, dominikanin, znany duszpasterz akademicki krakowskiej "Beczki" i teolog, byli wychowywani w atmosferze wielkiego szacunku wobec ojczystych dziejów, o których pamięć była bardzo żywa w rodzinie.

- Kultywowana była historyczna tradycja, na którą składały się zarówno zrywy powstańcze XIX wieku jak i świeża pamięć walk z czasów I wojny światowej – wspominał po latach prof. Kłoczowski. - Byłem wychowywany na obrazach Artura Grottgera, które były malowane przez moją babkę. Ciągle się o nie pytałem i lubiłem słuchać opowiadań, które wyjaśniały przedstawiane na nich wydarzenia. Bardzo żywa była zwłaszcza pamięć o powstaniu styczniowym 1863 roku.

Nie mniej żywa była również pamięć stosunkowo niedawnych walk uwieńczonych odzyskaniem przez Polskę niepodległości. - Mój ojciec był w wojsku w 1918 i 1920 roku. Opowiadania ojca o Warszawie w listopadzie 1918 roku i atmosferze odzyskanej niepodległości, a także o wojnie 1920 roku głęboko zapadły mi w pamięci – podkreślał profesor, dodając, że ważną rolę odgrywały też grane przez ojca na fortepianie pieśni wojskowe i patriotyczne oraz codzienne czytanie Trylogii H. Sienkiewicza.

- Obecność historii Polski w rodzinnych wspomnieniach i odwoływanie się do przeszłości ukształtowało moje zainteresowania przeszłością – uważał J. Kłoczowski.

Przykład angażujących się społecznie rodziców szybko pociągnął syna. Widząc prężną działalność prowadzonej przez nich w krzynowłodzkiej parafii Akcji Katolickiej kilkunastoletni Jerzy stanął na czele dziecięcej Krucjaty Eucharystycznej, której członkami byli towarzysze jego zabaw. Jej aktywność dobrze rokowała na przyszłość dając nadzieję, że z członków powstanie kiedyś młodzieżowe koło Akcji Katolickiej.

Ten jak i inne plany przekreślił wybuch II wojny światowej. Już 1 września 1939 r. majątek w Bogdanach zostaje przejęty przez niemieckiego zarządcę. Kilka miesięcy później Kłoczowscy zostają zmuszeni do opuszczenia rodzinnego dworu, znajdując na czas wojny schronienie pod Warszawą. Jerzy kontynuuje rozpoczętą przed wojną naukę w gimnazjum księży marianów na Bielanach, które w okupacyjnych realiach działało pod szyldem technikum zawodowego. Tam, wraz z kilkoma kolegami, wstępuje w szeregi konspiracyjnego Związku Walki Zbrojnej, przemianowanego później na Armię Krajową. Podczas powstania warszawskiego podchorąży "Piotruś" dowodzi plutonem walczącego na Mokotowie pułku "Baszta". Pod koniec walk zostaje ciężko ranny. Konieczna okazuje się amputacja prawej ręki. Po klęsce powstania trafia do niewoli.

Jerzy Kłoczowski ma wtedy zaledwie 19 lat. Jego dotychczasowy świat obraca się w dużej mierze w gruzy. Zamiast niepodległości, o którą walczył, przychodzi czas komunistycznego zniewolenia, który przekreśla możliwość powrotu do rodzinnego domu w Bogdanach. – Ręki nie mam, to głupstwo – mówi rodzicom. Rezygnuje z planowanej wcześniej kariery zawodowego oficera i postanawia studiować historię, którą od lat żywo się interesował. Niedługo po wyjściu z obozu jenieckiego w Skierniewicach, jeszcze przez zakończeniem działań wojennych, pojawia się na Uniwersytecie Adama Mickiewicza w Poznaniu i z zapałem zabiera się do nauki. Jedną z jego koleżanek jest Krystyna Mankiewicz z Wilna. W 1947 r. pobierają się. Trzy lata później, po doktoracie na Uniwersytecie Mikołaja Kopernika w Toruniu, Jerzy Kłoczowski otrzymuje propozycję pracy na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim, który stanowi enklawę wolności nie tylko w PRL-u, ale we wszystkich państwach realnego socjalizmu. Wtedy wydaje się, że uczelnia ta może niebawem zostać zlikwidowana. Wbrew temu J. Kłoczowski będzie tam pracował przez pół wieku, podejmując kolejne wyzwania i obejmując kolejne powierzane mu kierownicze stanowiska. Już po czterech latach ma miejsce obrona pierwszej napisanej pod jego kierunkiem pracy magisterskiej. W 1957 r. zakłada Instytut Geografii Historycznej Kościoła w Polsce, którym kieruje przez wiele lat. Kieruje także katedrami Dziejów Średniowiecznych i Nauk Pomocniczych Historii oraz Historii Kultury Polskiej. Przez kilka lat pełni też funkcję dziekana Wydziału Nauk Humanistycznych. Wykłada także na uniwersytetach zachodnioeuropejskich i amerykańskich. Z biegiem lat stał się jedną z najbardziej rozpoznawalnych twarzy KUL-u, który w trudnych latach PRL-u otwierał na kontakty ze światową nauką.

Będąc historykiem-mediewistą, nie ograniczał swoich naukowych zainteresowań tylko do średniowiecza. Obejmowały one również dzieje Kościoła i chrześcijaństwa w Polsce, historię kultury polskiej oraz Europy Środkowo-Wschodniej. Wiele miejsca w swoich badaniach poświęcił zakonowi dominikanów i jego znaczeniu w historii i kulturze polskiej. Pod jego kierunkiem powstawały prace magisterskie i doktorskie poświęcone czasom od średniowiecza po wiek XX. On sam jest autorem 30 książek i ponad 1000 artykułów naukowych. Był także animatorem i redaktorem prac zespołowych nad dziejami polskiego chrześcijaństwa oraz historią Europy Środkowo-Wschodniej.

Jako świetnego wykładowcę wspomina prof. Kłoczowskiego Dariusz Szamel z Płocka. - Do dziś pamiętam z jakim przekonaniem opowiadał o regule św. Benedykta jako pierwszej konstytucji zjednoczonej Europy, w której wszystko było w umiarze: i o pracy i o modlitwie i o prawach mnicha i o obowiązkach opata. To nie było barbarzyństwo, ale mądra reguła ułatwiająca wspólne życie. Kiedyś tak zajmująco mówił o św. Franciszku z Asyżu, że po wykładzie ośmieliłem się go zaczepić i o coś jeszcze zapytać. Skończyło się na tym, że odprowadziłem go do mieszkania, a profesor przez całą drogę mi o tym świętym opowiadał, wyraźnie nim zafascynowany.

- Wykłady prof. Kłoczowskiego wyróżniały się syntetycznym charakterem, ujmowaniem z ogromną erudycją i swobodą węzłowych zagadnień – dodaje dr Wojciech Polak. - Były one przez swój charakter bardzo atrakcyjne dla studentów. Wypływały on wprost z osobowości profesora i jego doświadczenia badawczego. Profesor bardzo cenił ujęcia syntetyczne o szerokich horyzontach intelektualnych. Wykłady dawały obraz własny, niebanalny i niepowtarzalny; były przez to frapujące i inspirujące.

Dr W. Polak uczestniczył też w seminarium magisterskim prof. Kłoczowskiego. - Seminarium to było na tle innych o tyle specyficzne, że powstawały na nim prace dotyczące różnych epok – od średniowiecza po XX wiek. Związane to było z kierowaniem przez profesora Katedrą Historii Kultury Polskiej, a także z jego działalnością naukową, obejmującą kierowanie pracami nad syntezami przekraczającymi granice epok. Profesor potrafił natchnąć studentów różnymi inspirującymi pomysłami – wspomina dr Polak. Po studiach przez pewien czas uczestniczył w różnych pracach kierowanych przez prof. Kłoczowskiego m.in. nad atlasem przygotowywany w Instytucie Geografii Historycznej Kościoła w Polsce KUL. - Doświadczałem tu jakby bezpośrednio zamiłowania profesora do pracy zespołowej i szerokiej współpracy z różnymi ośrodkami naukowymi oraz poznawałem jego znakomite kompetencje także i w tych dziedzinach. Prof. Jerzy Kłoczowski był człowiekiem otwartym na dyskusję, chętnie zapoznawał się z opiniami także dużo młodszych podwładnych i współpracowników. Posiadanie własnego zdania było zresztą w jego oczach zaletą. Także w kontaktach osobistych bardzo zauważalny i odczuwalny był duży format osobowości i wysoka kultura profesora oraz jego pozytywny, nacechowany życzliwością stosunek do ludzi. Towarzyszyła temu dbałość o wysoki poziom merytoryczny prowadzonych prac oraz stawianie współpracownikom i podwładnym odpowiednio wysokich wymagań – dzieli się W. Polak.

Współautorką wielkiego naukowego sukcesu profesora była jego żona, Krystyna, która dzielnie wspierała męża poświęcając się domowi i wychowaniu pięciorga ich dzieci. Przeżyli razem 65 lat. – Stanowili wspaniałą parę – mówi syn Jan Maria. – Bez mamy nasz dom by zupełnie inaczej wyglądał, ponieważ ojciec poświęcał gros czasu na pracę naukową, a mama zajmowała się nami, aczkolwiek wspólnie spędzane były zawsze niedziele i święta. Była dla niego wielkim wsparciem. Myślę, że nie byłoby Jerzego Kłoczowskiego, profesora KUL, bez Krystyny Kłoczowskiej.

Prof. Kłoczowski był także bardzo aktywny jeśli chodzi o działalność społeczną. Należał do grona członków-założycieli Klubu Inteligencji Katolickiej w Warszawie. Wsparł działalność NSZZ Solidarność obejmując w 1981 r. kierownictwo Wszechnicy Regionu Środkowowschodniego. W czasie stanu wojennego współpracował z podziemnymi strukturami związku. W 1989 r. objął przewodnictwo Komitetu Obywatelskiego na Lubelszczyźnie, z którego ramienia rok później w wyborach uzupełniających uzyskał mandat senatora I kadencji w województwie lubelskim.

Starając się wprowadzić w życie ideę Europy Środkowo-Wschodniej, która jest w dużej mierze jego autorstwa, założył i objął kierownictwo Instytutu Europy Środkowo-Wschodniej. Pod egidą Instytutu prof. Kłoczowski koordynował współpracę historyków polskich, litewskich, ukraińskich i białoruskich, która zaowocowała opracowaniem publikacji poświęconych dziejom tych krajów.

Przewodniczył też Międzynarodowej Federacji Instytutów Europy Środkowo-Wschodniej, Polskiemu Komitetowi ds. UNESCO, kilkakrotnie polskiej delegacji na Konferencji Generalnej UNESCO oraz Konwentowi Europejskiego Kolegium Polskich i Ukraińskich Uniwersytetów.

Był wielokrotnie nagradzany m.in. m.in. Orderem Orła Białego, Krzyżem Srebrnym Virtuti Militari, Krzyżem Walecznych i Srebrnym Krzyżem Zasługi z Mieczami.

W czasach PRL-u nie mogło oczywiście być mowy o powrocie rodziny Kłoczowskich do dworku w Bogdanach. Jak mówi syn profesora, Jan Maria, miejsce to nie było długo obecne we wspomnieniach ojca. – My, jego dzieci, żyliśmy bardziej mitem powstania warszawskiego niż utraconymi Bogdanami.

O szlacheckiej przeszłości rodziny przypominał ocalony z dworu, wiszący w lubelskim mieszkaniu profesora portret przodka z XVIII wieku. Z okolic Krzynowłogi Wielkiej pochodziła Maria Sałkowska, niania Jerzego Kłoczowskiego, jego dwóch braci, a później piątki jego dzieci. W latach 70-tych ubiegłego wieku, ze względu na podeszły wiek, opuściła ona Lublin i wróciła w swoje rodzinne strony, gdzie odwiedzali ją członkowie rodziny Kłoczowskich, przy okazji wstępując też na cmentarz w Krzynowłodze. Wtedy zaczęli również zaglądać do dworu w Bogdanach. Po wojnie początkowo mieściła się tam szkoła, co uchroniło budynek od losu znajdujących się w sąsiednich wsiach siedzib szlacheckich, które zostały rozebrane. Później przez pewien tam był tam klub wiejski. Kiedy na Wszystkich Świętych 1996 r., po wizycie na grobie dziadków na cmentarzu w Krzynowłodze prof. Kłoczowski odwiedził z synem okolice opuszczonego już wtedy dworu okazało się, że jego stan nie przedstawiał się najlepiej. Reakcja profesora na widok niszczejącego budynku z powybijanymi szybami była bardzo zdecydowana. – "Tak dłużej nie może być. Trzeba coś z tym zrobić" – powiedział wtedy ojciec – wspomina J.M. Kłoczowski. Realizując to postanowienie rodzina odkupiła od państwa i wyremontowała swoją dawną siedzibę.

- Nigdy nie zapomnę naszej pierwszej Wigilii spędzonej w Bogdanach, bodajże w 2001 r. – wspomina J. M. Kłoczowski, który od niedawna mieszka tam na stałe – Pierwszy i jedyny raz w życiu widziałem ojca, który zapłakał. Przemawiając do nas po odczytaniu fragmentu Ewangelii powiedział wtedy: Nie spodziewałem się, że dożyję takiego momentu, że będę mógł jeszcze raz obchodzić Wigilię w miejscu swojego urodzenia.

Odzyskany dwór jest znów nie tylko domem rodzinnym, ale, tak jak przed laty, również lokalnym ośrodkiem kultury. W 2014 r. z okazji 90-tych urodzin profesora gościł tam z koncertem Grzegorz Turnau. Jerzy Kłoczowski został wtedy uhonorowany przez Towarzystwo Przyjaciół Chorzel nagrodą "Superprzyjaciela Chorzel". 10 lat wcześniej otrzymał statuetkę Przasnyskiego Koryfeusza. W obu tych miastach gościł też z wykładami. W sierpniu tego roku przed dworem w Bogdanach odbyły się symboliczne 120. urodziny ojca profesora, Eugeniusza.

Prof. Jerzy Kłoczowski zmarł w Warszawie 2 grudnia po długiej chorobie. Dziś po Mszy św. w kościele parafialnym zostanie pochowany na cmentarzu w Krzynowłodze Wielkiej.