Na miejsce diecezjalnego dziękczynienia za św. Jana Pawła II została wybrana świątynia, która prawdopodobnie jest pierwszym kościołem w Polsce, poświęconym polskiemu świętemu zaraz po jego beatyfikacji, 13 maja 2011 roku.

W niedzielne południe Mszy św. z uroczystym "Te Deum” za kanonizację Jana Pawła II, przewodniczył bp Piotr Libera. Diecezjalna uroczystość zbiegła się z urodzinami Karola Wojtyły (18 maja 1920 roku). We Mszy św., wraz z biskupami Piotrem Liberą i Romanem Marcinkowskim uczestniczyli księża, siostry zakonne i delegacje z dekanatów diecezji płockiej.

Wieczorem, w tym samym kościele, o godz. 19 odbył się II międzyparafialny koncert pieśni maryjnej w wykonaniu chórów z diecezji płockiej.

Kościół św. Jana Pawła II zbudowano w parafii pw. Matki Bożej Fatimskiej w Ciechanowie. Ta wspólnota parafialna została powołana do istnienia przez biskupa płockiego Zygmunta Kamińskiego 8 września 1996 roku, i była duchowym owocem peregrynacji figury Pani Fatimskiej w diecezji płockiej w czerwcu i lipcu 1996 roku.

- Tu Maryja sobie wszystko wybrała i ona jest tu proboszczem - często będzie powtarzał ks. Jóźwiak. 13 maja 1997 roku bp Kamiński w czasie pierwszego odpustu parafialnego poświęcił figurę Pani Fatimskiej przywiezioną z portugalskiego sanktuarium, która odtąd odbiera szczególną cześć w parafii, zwłaszcza w czasie nabożeństw, które każdego 13. dnia miesiąca od maja do października gromadzą rzesze wiernych.

13 maja 1998 roku bp Roman Marcinkowski poświęcił kamień węgielny pod budowę nowej, okazałej świątyni. Został on wyjęty z murów sanktuarium maryjnego w Fatimie. Jeszcze w tym samym miesiącu, 28 maja poświęcono plac budowy i rozpoczęto prace. Architektem kościoła jest Jacek Jaśkowiec, konstruktorem - Aleksander Bońkowski, kierownikiem budowy - Ignacy Kołakowski, a głównym wykonawcą - firma Konwestur.

Przez 10 lat wspólnota parafialna gromadziła się w tymczasowej kaplicy. W Boże Narodzenie 2006 r. bp Roman Marcinkowski odprawił w nowym kościele pierwszą Mszę św. - Pasterkę. Odtąd w nowym miejscu zaczęto sprawować kult Boży.

W latach 2008-2011 trwały prace nad wystrojem kościoła, który wykonali artyści poznańscy: Bronisław Mytych, Jerzy Wojciechowski, Piotr Andruszka i Leszek Urbanowicz. Założono ogrzewanie i granitową posadzkę.

Uroczystego poświęcenia kościoła 13 maja 2011 roku dokonał biskup płocki Piotr Libera.

- Wszyscy którzy patrzyli na tę budowę mogą być świadkami, jak prowadziła nas Opatrzność Boża, jak dzięki ofiarności wielu ludzi z bliska i daleka powstawała ta świątynia. Jej dwie wieże przypominają, że nasze ręce mają być wzniesione zawsze do modlitwy. Jeśli uwzględnimy dodatkową wieżę z krzyżem nad prezbiterium, uświadomimy sobie, że fundamentem naszej wiary jest Trójca Przenajświętsza, prawda, że ”Bóg jest miłością”. Przesłanie wnętrza, zwłaszcza wielkiej ściany ołtarzowej (niemal 200 m kw.) i malowidła to objawienia fatimskie: Maryja uczy nas modlitwy, dzieci uczą nas ją przyjmować, Anioł z Eucharystią i Maryja prowadza nas do Jezusa. Tylko w Nim jest nasze ocalenie. Eucharystia jest słońcem, pełnią życia dla każdego z nas. Droga Krzyżowa namalowana nad nawami bocznymi jest jedną z największych w diecezji płockiej - wyjaśnia ks. proboszcz Jan Jóźwiak.