Jerzy Kłoczowski ma wtedy zaledwie 19 lat. Jego dotychczasowy świat obraca się w dużej mierze w gruzy. Zamiast niepodległości, o którą walczył, przychodzi czas komunistycznego zniewolenia, który przekreśla możliwość powrotu do rodzinnego domu w Bogdanach. – Ręki nie mam, to głupstwo – mówi rodzicom. Rezygnuje z planowanej wcześniej kariery zawodowego oficera i postanawia studiować historię, którą od lat żywo się interesował. Niedługo po wyjściu z obozu jenieckiego w Skierniewicach, jeszcze przez zakończeniem działań wojennych, pojawia się na Uniwersytecie Adama Mickiewicza w Poznaniu i z zapałem zabiera się do nauki. Jedną z jego koleżanek jest Krystyna Mankiewicz z Wilna. W 1947 r. pobierają się. Trzy lata później, po doktoracie na Uniwersytecie Mikołaja Kopernika w Toruniu, Jerzy Kłoczowski otrzymuje propozycję pracy na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim, który stanowi enklawę wolności nie tylko w PRL-u, ale we wszystkich państwach realnego socjalizmu. Wtedy wydaje się, że uczelnia ta może niebawem zostać zlikwidowana. Wbrew temu J. Kłoczowski będzie tam pracował przez pół wieku, podejmując kolejne wyzwania i obejmując kolejne powierzane mu kierownicze stanowiska. Już po czterech latach ma miejsce obrona pierwszej napisanej pod jego kierunkiem pracy magisterskiej. W 1957 r. zakłada Instytut Geografii Historycznej Kościoła w Polsce, którym kieruje przez wiele lat. Kieruje także katedrami Dziejów Średniowiecznych i Nauk Pomocniczych Historii oraz Historii Kultury Polskiej. Przez kilka lat pełni też funkcję dziekana Wydziału Nauk Humanistycznych. Wykłada także na uniwersytetach zachodnioeuropejskich i amerykańskich. Z biegiem lat stał się jedną z najbardziej rozpoznawalnych twarzy KUL-u, który w trudnych latach PRL-u otwierał na kontakty ze światową nauką.

Będąc historykiem-mediewistą, nie ograniczał swoich naukowych zainteresowań tylko do średniowiecza. Obejmowały one również dzieje Kościoła i chrześcijaństwa w Polsce, historię kultury polskiej oraz Europy Środkowo-Wschodniej. Wiele miejsca w swoich badaniach poświęcił zakonowi dominikanów i jego znaczeniu w historii i kulturze polskiej. Pod jego kierunkiem powstawały prace magisterskie i doktorskie poświęcone czasom od średniowiecza po wiek XX. On sam jest autorem 30 książek i ponad 1000 artykułów naukowych. Był także animatorem i redaktorem prac zespołowych nad dziejami polskiego chrześcijaństwa oraz historią Europy Środkowo-Wschodniej.

Jako świetnego wykładowcę wspomina prof. Kłoczowskiego Dariusz Szamel z Płocka. - Do dziś pamiętam z jakim przekonaniem opowiadał o regule św. Benedykta jako pierwszej konstytucji zjednoczonej Europy, w której wszystko było w umiarze: i o pracy i o modlitwie i o prawach mnicha i o obowiązkach opata. To nie było barbarzyństwo, ale mądra reguła ułatwiająca wspólne życie. Kiedyś tak zajmująco mówił o św. Franciszku z Asyżu, że po wykładzie ośmieliłem się go zaczepić i o coś jeszcze zapytać. Skończyło się na tym, że odprowadziłem go do mieszkania, a profesor przez całą drogę mi o tym świętym opowiadał, wyraźnie nim zafascynowany.

- Wykłady prof. Kłoczowskiego wyróżniały się syntetycznym charakterem, ujmowaniem z ogromną erudycją i swobodą węzłowych zagadnień – dodaje dr Wojciech Polak. - Były one przez swój charakter bardzo atrakcyjne dla studentów. Wypływały on wprost z osobowości profesora i jego doświadczenia badawczego. Profesor bardzo cenił ujęcia syntetyczne o szerokich horyzontach intelektualnych. Wykłady dawały obraz własny, niebanalny i niepowtarzalny; były przez to frapujące i inspirujące.