Władze carskie chciały, aby ten klasztor stał się "umieralnią" zakonników w brązowych habitach. Zamknięci i ograniczeni w aktywności duszpasterskiej i społecznej, mieli stać się mniej nieszkodliwi dla carskiego reżimu i zepchnięci na margines. A tymczasem ten margines i peryferia stały się opatrznościową okazją dla o. Honorata Koźmińskiego, aby rozpocząć wielkie apostolskie dzieło.

Wiele już napisano o ukrytych zgromadzeniach zakonnych, które zakładał błogosławiony, ale zakroczymski kościół i konfesjonał były przede wszystkim przełomowe w życiu duchowym samego o. Koźmińskiego. Jak zauważają jego biografowie, jego pragnieniem było jak najczęstsze nawiedzanie Najświętszego Sakramentu, nawet 33 razy dziennie, na cześć 33 lat życia Zbawiciela. Aby strzec się przed duchową monotonią i rutyną, na każdy rok obierał jako patrona innego świętego, co miesiąc czcił osobną tajemnicę z życia Jezusa i Maryi. Z czasem do każdej wykonywanej czynności przypisywał konkretną intencję albo akt strzelisty. Każda więc praca, nawet przejście klasztornym korytarzem, czy wejście do kościoła, spojrzenie na krzyż czy ołtarz było związane z intencją i modlitwą. Warto o tym pamiętać modląc się w tym miejscu, tak bardzo przesiąkniętym modlitwą świętego kapucyna. Taki był owoc jego wielu lat pozornej bezczynności i ukrycia, owoc zakroczymskiej "pustelni". Dlatego już na początku pobytu w Zakroczymiu, w 1865 r. pisał: "Zrozumiałem, jak wielką łaską Bożą jest dla mnie ukrycie i samotność, do których teraz mnie Pan powołuje".

Najpierw siebie samego, a później swych duchowych synów i córki upominał, aby traktowali poważnie każde duchowe zobowiązanie, ponieważ jest zaciągnięte wobec Boga. I powtarzał: jeśli dawać, to dawać całkowicie, trzeba demaskować siebie, swe złe skłonności i nosić Boga w swych myślach i sercu.

Ale szczególną przestrzenią działalności o. Honorata był konfesjonał, w którym spędzał wiele godzin. Przywołajmy tylko dwie rady błogosławionego spowiednika do swych penitentów, aby zrozumieć jego łagodność i wymagania: "Moje dziecko drogie, niech cię Pan Jezus błogosławi za twoją szczerość", albo: "Trzeba się nauczyć pewnych uwag silniejszych w niektórych materiach i wprowadzić pokuty medycynalne, czyli lecznicze" - powtarzał o. Honorat z zakroczymskiego konfesjonału. To była jego bezkompromisowa walka o świętość, podejmowanie trudu i codziennie ponawiana wierność.