Zmartwychwstańcy mówią o nim, że trzykrotnie się narodził. Jego pierwsze narodziny - ziemskie, miały miejsce 26 marca 1807 roku w parafii Winnica. Tam też w kościele parafialnym został ochrzczony. W Pułtusku uczęszczał do szkoły prowadzonej przez benedyktynów w Pułtusku. Mimo swych zdolności lubił się bawić i leniuchować: musiał więc powtarzać dwa lata w tej samej klasie. Bieda w domu zmusiła go także do podjęcia pracy: gdy miał 15 lat został nauczycielem pomocniczego matematyki, języka polskiego i kaligrafii. Jego matka pisał w jednym z listów: "Proszę, pamiętaj na mnie, biedną matkę, i posłuchaj mojej rady... Szukaj tylko dobrego towarzystwa, gdzie byś znalazł dobrą reputację i miłość wszystkich. Bądź dobrym, religijnym i pobożnym, a Bóg najwyższy będzie ci błogosławił we wszystkim. Ty jesteś jeszcze młody, ale masz pięknie w głowie i dobry rozum, aby go na dobre użyć" - tak pisała Agnieszka Jańska do syna.

Gdy miał 16 lat Bogdan podjął studia prawniczo-ekonomiczne na Uniwersytecie Warszawskim. Wtedy też poznał różne prądy filozoficzne, wówczas modne, rzucił się też w wir rozmaitych przyjemności, a w konsekwencji odszedł od wiary katolickiej. W 1827 roku ukończył studia uzyskując magisterium z prawa i ekonomii. Wygrał konkurs na stanowisko profesora ekonomii w planowanym Instytucie Politechnicznym w Warszawie. Wraz ze stanowiskiem otrzymał stypendium na podróż naukową po Europie Zachodniej.

W przeddzień wyjazdu za granicę wziął nieoczekiwanie ślub z Aleksandrą Zawadzką, znajomą jeszcze z lat dziecięcych. Związek małżeński zawarł w parafii Przewodowo. Tę zaskakującą decyzję podjął dla ratowania dziewczyny, która znalazła się w beznadziejnej sytuacji: będąc w ciąży, straciła dobrą reputację i została bez środków do życia, bez kontaktów z rodziną i z ojcem dziecka. Nie był to jednak gest czysto "rycerski"; w jego żarliwych listach pisanych do Aleksandry można wyczuć tęsknotę i zaangażowanie uczuciowe, a także szczerą, namiętną miłość i autentyczne przywiązanie. Zmuszony okolicznościami do przebywania z dala od żony czuł się jednak za nią odpowiedzialny i usiłował utrzymywać z nią kontakt poprzez listy, w których zapewniał ją o wierności i chęci powrotu. Starał się też w miarę swoich skromnych możliwości wspierać ją materialnie. Wybuch powstania listopadowego i późniejsze represje carskie spowodowały, że już nigdy się nie spotkali i Bogdan do końca życia miał wyrzuty sumienia z powodu niedopełnienia małżeńskich obowiązków.