Odbył specjalistyczne studia z katechetyki na Wydziale Teologicznym Akademii Teologii Katolickiej w Warszawie. W latach 1974 -1980 pełnił funkcję diecezjalnego wizytatora religii, do 1985 r. był również diecezjalnym duszpasterzem rodzin. Od roku 1980 do 1991 pełnił funkcję dyrektora Wydziału Katechetycznego Kurii Diecezjalnej w Płocku. Był również dyrektorem Wydziału Duszpasterskiego kurii. Od roku 1990 jako prepozyt stoi na czele Kapituły Katedralnej Płockiej.

28 lutego 1985 r. Jan Paweł II mianował go biskupem pomocniczym diecezji płockiej i biskupem tytularnym Bulla Regia. Sakrę biskupią przyjął 13 kwietnia 1985 r. w bazylice katedralnej w Płocku z rąk prymasa Polski kard. Józefa Glempa.

- W mojej pracy kapłańskiej były mi zawsze bliskie sprawy katechizacji. W haśle biskupiego posługiwania umieściłem słowa: "Idźcie i nauczajcie". Chcę nadal być wierny temu zawołaniu - mówił po otrzymaniu sakry.

W 1999 r. i 2007 r. zarządzał diecezją płocką jako administrator do czasu powołania nowych ordynariuszy przez Stolicę Apostolską. Od 2004 do 2010 r. przewodniczył pracom zespołu opracowującego "Katechizm Płocki".

"Zachęcam was do uważnego wsłuchiwania się w bogactwo treści tego katechizmu. Dzięki temu poznamy problemy i sytuacje, które w przeszłości nie istniały; znajdziemy odpowiedź na pytania, jakie stawia współczesny człowiek, spojrzymy na wiarę chrześcijańską w jej żywej istocie i w całej jej oryginalności" - pisał w pierwszej z cyklu katechez. Dzieło to, "jako bardzo potrzebne i oczekiwane", zyskało uznanie Ojca Świętego Benedykta XVI.

Bp Marcinkowski jest wikariuszem generalnym diecezji płockiej. Jest również przewodniczącym komisji Konferencji Episkopatu Polski do spraw Legionu Maryi.